Die GIS-gestützte Verarbeitung von räumlichen Daten stellt besondere Anforderungen an deren Qualität. Hierzu gehört die topologische Qualität der Daten. Darunter sind geometrische Beziehungen zwischen Objekten wie Polygonen zu verstehen, welche im Rahmen des GIS-Datenmodells zu gewährleisten sind.

In survey2gis laufen einige Funktionen nach dem Datenimport automatisch ab, die gewährleisten sollen, dass die topologische Qualität der Daten erhöht wird. Hierbei ist einschränkend zu bachten, dass das GIS-Topologiemodell ein zweidimensionales ist.
Ebenso sind die meisten Topologiefunktionen von survey2gis nur in 2D implementiert. Diese bedeutet, dass die Daten so betrachtet werden, als würde Z konstant „0” betragen. Je nachdem, wieviel Varianz die Z-Daten enthalten, kann dies zu mehr oder weniger signifikanten Abweichungen von der Realität führen. Die topologische Bereinigung funktioniert besser, je planarer die Daten sind.

Obwohl einige GIS eigene, teils sehr leistungsfähige, Werkzeuge zur topologischen Bereinigung zur Verfügung stellen, sollte die grundsätzliche Arbeit besser von survey2gis verrichtet werden, da ihm die vollen Eingabedaten zur Verfügung stehen, während das GIS nur auf die bereits rekonstruierten Geometrien zurückgreifen kann.